כידוע, שיעורי המס בישראל הן גבוהים מאוד ביחסים למדינות אחרות. אבל, יחד עם זאת, כאשר מדובר על מס ההכנסה, אחד המיסים הכבדים ביותר, הרי שנטל המס בין קבוצות שונות באוכלוסייה איננו שווה.
על מנת לעודד פעולות של השקעה שיתרמו לרווחת המשק על ידי יצירת מקומות עבודה, עידוד הייצוא, הגברת שיתופי פעולה עם מדינות אחרות בעולם, שיפור התוצר, והגברת התחרותיות מול מדינות שונות בחו"ל, רואה ממשלת ישראל לנכון להעניק הטבות מס לחברות מסוגים שונים. חלק מאותן הטבות ניתנות באופן ישיר וחלק אחר שלהן ניתן באופן עקיף.
הקטנת מס הכנסה
לפני שנדבר על הטבות מס לחברות במובן הרגיל של המילה, חשוב לציין שממשלת ישראל מקפידה בשנים האחרונות להקטין באופן מתמשך את המס אותו נדרשות לשלם חברות בישראל.בשנת 2007 מס החברות עמד על 29 אחוזים. מאז המס הולך ויורד והצפי הוא שתחול הפחתה נוספת במס החברות גם בשנים הבאות. בשנת 2008 ירד המס בשני אחוזים, ומאז חלה ירידה נוספת באחזי המס, בכל שנה ושנה.
החוק לעידוד השקעות הון
אחד היעדים החשובים שאותם שמה לה המדינה כמטרה הוא לעודד השקעות במשק הישראלי. חלק גדול מאותן השקעות נעשה באמצעות משקיעים זרים. חברה שיש בה השקעות זרות זוכה לקבל הטבה מפליגה בצורה של הפחתה ניכרת במס ההכנסה שאותו היא נדרשת לשלם.מס זה (שנקרא, כאמור, מס חברות), יכול להיות מופחת במידה משמעותית מאוד. משמעות ההטבה יכול להתבטא בשיעורי מס נמוכים עד כדי מחצית ואפילו ויותר.
מס של אפס אחוזים
במסגרת החוק לעידוד השקעות הון שאותו הזכרנו, זכאיות החברות להטבה מיוחדת נוספת. חברה שזכתה לקבל מעמד של מפעל מאושר לאחד או יותר מן המפעלים שלה ברחבי הארץ, יכולה לקבל פטור מתשלום מס למשך תקופה מסוימת.בתמורה לפטור זה, על החברה להסכים, לוותר על תשלום מענקים. תקופת הפטור מתשלומי המס נקבע בהתאם למיקום המפעל, והיא יכולה לנוע בין שנתיים לבין עשר שנים.
הפטור מוגדר בתור דחיית תשלומי מס, אך במקרים רבים הופך הפטור לקבוע, ולו באופן חלקי, לאחר דין ודברים כשמגיע מועד התשלום.עידוד מחקר ופיתוח
מכיוון שאחד ממנועי הצמיחה הגדולים של המשק טמון בפיתוחים טכנולוגיים עתירי ידע, הרי שהמדינה מבקשת להקל על חברות שמשקיעות תקציבים גדולים במו"פ (מחקר ופיתוח).
חברות כאלו אינן זוכות להטבה ישירה בדמות הפחתת מס, כפי שנקבע בחוק לעידוד השקעות הון, אלא בהטבה של הכרה מיידית בהוצאות. כדי להבהיר את הנקודה, נסביר שהוצאות מחקר ופיתוח, כמו כל הוצאה אחרת, מפחיתות את תשלום המס. תשלום המס נקבע על הרווח, שנקבע מתוך סך ההכנסות של החברה שממנו מפחיתים את ההוצאות שהשקיעה החברה בפעילותה. בהוצאות גדולות כגון על נכסים, נהוגה הפחתה למשך מספר שנים של ההוצאה ביחס להכנסה (מה שמכונה "פחת"). במקרה של הוצאות מחקר ופיתוח מתירים לחברה להפחית את כל ההוצאה באופן מיידי, מה שאומר שהחברה משלמת פחות מס כבר בשנת המס הנוכחית, במקום לדחות את הפחתת התשלום לשנים הבאות.